1938年春，峄县沦陷，共产党员孙伯英、王子刚、孙怡然在地方开展抗战活动。孙倚亭看到毛泽东所著《论持久战》，认识了抗战前途，坚定了抗日信心。1939年初冬，峄县抗日民主政府成立。1940年2月，孙倚亭离家参加抗战行列，任第四区蛟山乡乡长，并组织蛟山大队，活动于峄城以西棠荫地区。其后部队改属峄县支队第二区队，孙倚亭任区队长，张明善为教导员。1940年麦收时间，二区队进驻县城近郊，连续三天与峄县城出动之敌进行战斗，致使敌人未能任意抢运新麦，保护群众完成运粮藏粮任务。1940年初冬，运北地方全部伪化，孙倚亭带领部队进入抱犊崮山区。1941年，所率部队与孙斌全部合组抗协自卫军独立团。

1942年春，文峰游击队在运北敌区建立。孙倚亭所部改名特务大队，进入运北敌区，配合文峰大队开辟和坚持敌区游击战争。他全力争取棠荫伪军中队长赵洪云，多次和赵当面谈判并进行教育，使其为我方递送情报。1943年，部队交给运北工委，改属文峰大队，孙倚亭随运河支队支队长胡大勋到新四军四师卫生部休养，治疗瘤疾。其间得到师长照顾，身体很快恢复健康。彭雪枫还对孙倚亭传授了对敌斗争经验，并赠送革命书籍，使其思想又得以提高。

1944年春，孙倚亭返回运北后，适逢恢复峄县建制，被选为参议会议长，为开展抗日民族统一战线、团结各阶层人士参加抗战事业作了有益的工作。

解放战争开始后，孙倚亭改做卫生工作。1948年在鲁中南行政公署，经张成介绍加入中国共产党，尔后任山东省益都县麻风病医院院长。1962年因病退休后，整理其在抗日时期的诗稿两册、枣庄市抗日史咏计诗词25篇，其中多为歌颂抗日时期峄滕铜邳地区的英雄人物事迹。1967年因病去世。